Iquitos liegt nordöstlich des Zusammenflusses der beiden Hauptquellflüsse des Amazonas, Río Ucayali und Río Marañón.
Der Amazonas hat ein Länge von 6.800 km, ist der mit Abstand wasserreichste Fluss der Erde und befördert mehr Wasser als die sechs nächstgrößeren Flüsse zusammen.